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Type the full name of an identifier to look for (a function name, variable name, typedef, etc).
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Definitions for query

Type	File	Line
function prototype or declaration	/src/algo/blast/api/repeats_filter_cxx.cpp	387
function prototype or declaration	/src/algo/blast/igblast/igblast.cpp	1727
function prototype or declaration	/src/algo/blast/unit_tests/api/bl2seq_unit_test.cpp	153
function prototype or declaration	/src/algo/blast/unit_tests/api/bl2seq_unit_test.cpp	1671
function prototype or declaration	/src/algo/blast/unit_tests/api/bl2seq_unit_test.cpp	3580
function prototype or declaration	/src/algo/blast/unit_tests/api/bl2seq_unit_test.cpp	3602
function prototype or declaration	/src/algo/blast/unit_tests/api/blastfilter_unit_test.cpp	2055
function prototype or declaration	/src/algo/blast/unit_tests/api/msa2pssm_unit_test.cpp	94
function prototype or declaration	/src/algo/blast/unit_tests/blast_format/blast_format_unit_test.cpp	100
function prototype or declaration	/src/algo/blast/unit_tests/blast_format/blast_format_unit_test.cpp	148
function prototype or declaration	/src/algo/structure/cd_utils/cuBlast2Seq.cpp	219
function prototype or declaration	/src/algo/structure/cd_utils/cuSimpleB2SWrapper.cpp	271
function prototype or declaration	/src/app/blast/blast_formatter.cpp	207
function prototype or declaration	/src/app/blast/blast_formatter.cpp	217
function prototype or declaration	/src/app/blast/psiblast_app.cpp	543
function prototype or declaration	/src/app/blastdb/makeprofiledb.cpp	881
function prototype or declaration	/src/app/blastvdb/blast_formatter_vdb.cpp	205
function prototype or declaration	/src/app/blastvdb/blast_formatter_vdb.cpp	215
function prototype or declaration	/src/app/blastvdb/tblastn_vdb.cpp	289
function prototype or declaration	/src/app/igblast/igblastp_app.cpp	194
function prototype or declaration	/src/app/splign/splign_app.cpp	1035
function definition	/src/dbapi/driver/ftds100/freetds/dblib/unittests/done_handling.c	66
function definition	/src/dbapi/driver/ftds100/freetds/dblib/unittests/null.c	35
function definition	/src/dbapi/driver/ftds100/freetds/dblib/unittests/null2.c	29
function definition	/src/dbapi/driver/ftds100/freetds/tds/unittests/utf8_1.c	57
function definition	/src/dbapi/driver/ftds14/freetds/dblib/unittests/done_handling.c	66
function definition	/src/dbapi/driver/ftds14/freetds/dblib/unittests/null.c	32
function definition	/src/dbapi/driver/ftds14/freetds/dblib/unittests/null2.c	29
function definition	/src/dbapi/driver/ftds14/freetds/tds/unittests/utf8_1.c	57
function prototype or declaration	/src/dbapi/simple/test/sdbapi_unit_test.cpp	540
function prototype or declaration	/src/dbapi/simple/test/sdbapi_unit_test.cpp	598
function prototype or declaration	/src/dbapi/simple/test/sdbapi_unit_test.cpp	653
function prototype or declaration	/src/dbapi/simple/test/sdbapi_unit_test.cpp	666
function prototype or declaration	/src/dbapi/simple/test/sdbapi_unit_test.cpp	677
function prototype or declaration	/src/dbapi/simple/test/sdbapi_unit_test.cpp	688
function prototype or declaration	/src/dbapi/simple/test/sdbapi_unit_test.cpp	704
function prototype or declaration	/src/gui/packages/pkg_alignment/find_overlap_tool.cpp	237
function prototype or declaration	/src/gui/packages/pkg_alignment/prosplign_tool.cpp	441
function prototype or declaration	/src/gui/packages/pkg_sequence_edit/mixedstrands.cpp	249
function prototype or declaration	/src/gui/packages/pkg_sequence_edit/sequpd.cpp	470
function prototype or declaration	/src/gui/packages/pkg_sequence_edit/sequpd.cpp	583

41 declarations in 28 files.

References to query

File	Line
/include/algo/align/advanced_cleanup/advanced_cleanup.hpp	75
/include/algo/align/util/align_compare.hpp	91
/include/algo/align/util/named_collection_score.hpp	52 53
/include/algo/blast/api/bl2seq.hpp	62 67 76 82 94 222 226
/include/algo/blast/api/blast_results.hpp	173
/include/algo/blast/api/cdd_pssm_input.hpp	122
/include/algo/blast/api/msa_pssm_input.hpp	76
/include/algo/blast/api/psi_pssm_input.hpp	78 85 175
/include/algo/blast/api/psibl2seq.hpp	103
/include/algo/blast/api/psiblast.hpp	156
/include/algo/blast/api/pssm_engine.hpp	154 177
/include/algo/blast/api/remote_search.hpp	101
/include/algo/blast/api/repeats_filter.hpp	72 83
/include/algo/blast/api/search_strategy.hpp	206 217 245
/include/algo/blast/api/setup_factory.hpp	272
/include/algo/blast/composition_adjustment/redo_alignment.h	294
/include/algo/blast/core/aa_ungapped.h	61 87
/include/algo/blast/core/blast_aalookup.h	182 279
/include/algo/blast/core/blast_engine.h	90 131 165 198
/include/algo/blast/core/blast_gapalign.h	140 164 189 241 254 271
/include/algo/blast/core/blast_hits.h	131 320 339 376
/include/algo/blast/core/blast_hspfilter.h	82
/include/algo/blast/core/blast_lookup.h	85 179
/include/algo/blast/core/blast_nalookup.h	93 169 285 672
/include/algo/blast/core/blast_psi.h	135 359
/include/algo/blast/core/blast_query_info.h	189
/include/algo/blast/core/blast_setup.h	234
/include/algo/blast/core/blast_stat.h	329
/include/algo/blast/core/blast_sw.h	109
/include/algo/blast/core/blast_traceback.h	131 169 209
/include/algo/blast/core/lookup_wrap.h	81 104
/include/algo/blast/core/mb_indexed_lookup.h	84
/include/algo/blast/core/na_ungapped.h	57 82 118 125 144
/include/algo/blast/core/pattern.h	224
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/include/algo/blast/core/phi_gapalign.h	66 94
/include/algo/blast/dbindex/dbindex.hpp	764
/include/algo/blast/dbindex/dbindex_sp.hpp	452 520
/include/algo/blast/format/blastfmtutil.hpp	131 157
/include/algo/blast/format/data4xml2format.hpp	62 70 78 86
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/include/algo/blast/proteinkmer/blastkmerresults.hpp	68
/include/algo/blast/proteinkmer/blastkmerutils.hpp	221 239
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/include/algo/cobalt/hit.hpp	128 128
/include/algo/gnomon/glb_align.hpp	56 57 60 61 62 63 72 75 78 81
/include/algo/sequence/adapter_search.hpp	309
/include/algo/structure/cd_utils/cuBlast2Seq.hpp	128
/include/algo/structure/cd_utils/cuPssmMaker.hpp	166
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/include/corelib/ncbi_url.hpp	186 188 227 245 247
/include/db/bdb/bdb_query.hpp	194 195 225 230 234 236 246 248 261
/include/db/bdb/bdb_query_parser.hpp	56
/include/dbapi/driver/ctlib/interfaces.hpp	447 618 620 765 767 827 921 966
/include/dbapi/driver/ftds100/freetds/ctlib.h	226
/include/dbapi/driver/ftds100/freetds/freetds/odbc.h	398
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/include/dbapi/driver/ftds14/freetds/ctlib.h	301
/include/dbapi/driver/ftds14/freetds/freetds/odbc.h	399
/include/dbapi/driver/ftds14/freetds/freetds/tds.h	976 1038 1405 1445 1446 1448 1449 1450 1454 1495
/include/dbapi/driver/impl/dbapi_impl_cmd.hpp	116 119
/include/dbapi/driver/impl/dbapi_impl_connection.hpp	161
/include/dbapi/driver/interfaces.hpp	1218 1221 1223 1432 1436
/include/dbapi/driver/mysql/interfaces.hpp	108
/include/dbapi/driver/odbc/interfaces.hpp	276 364 365 559 584 612
/include/dbapi/driver/public.hpp	99 102 104 378 382
/include/dbapi/driver/util/blobstore.hpp	144
/include/dbapi/driver/util/parameters.hpp	44
/include/dbapi/simple/sdbapi.hpp	213 751
/include/gui/core/dm_search_tool.hpp	112 116
/include/gui/core/search_tool_base.hpp	83 85 115 118 210
/include/gui/core/seqloc_tool_base.hpp	124
/include/gui/framework/item_selection_panel.hpp	174
/include/gui/objutils/query_data_source.hpp	76
/include/gui/objutils/td_query_data_source.hpp	67
/include/gui/packages/pkg_alignment/blast_db_dialog.hpp	196
/include/gui/packages/pkg_alignment/net_blast_dm_search_tool.hpp	97 179
/include/gui/packages/pkg_sequence/snp_search_tool.hpp	80 143
/include/gui/packages/pkg_sequence_edit/sequpd.hpp	75
/include/gui/packages/pkg_sequence_edit/update_seq_input.hpp	87
/include/gui/widgets/data/query_parse_panel.hpp	213 217 265 273
/include/gui/widgets/phylo_tree/phylo_tree_ds.hpp	346 354
/include/gui/widgets/seq_graphic/alngraphic_ds.hpp	250 252 258 258 258 259 261 265 265 270
/include/misc/hydra_client/hydra_client.hpp	69
/include/objects/entrez2/entrez2_client.hpp	104 146
/include/objtools/alnmgr/score_builder_base.hpp	136 143 152
/include/objtools/edit/eutils_updater.hpp	100
/include/objtools/format/items/flat_seqloc.hpp	138
/include/objtools/pubseq_gateway/client/psg_client.hpp	91 91
/include/objtools/pubseq_gateway/impl/cassandra/blob_task/find_chunk.hpp	84 85
/include/objtools/pubseq_gateway/impl/cassandra/blob_task/load_blob.hpp	98 139 140
/include/objtools/pubseq_gateway/impl/cassandra/cass_blob_op.hpp	257 264 269 273 299 307 316 345 350
/include/objtools/pubseq_gateway/impl/cassandra/cass_driver.hpp	721 722 747 748
/include/objtools/pubseq_gateway/impl/cassandra/cass_query_list.hpp	26 30 32 130 130 141 145 147 152 165 166
/include/objtools/pubseq_gateway/impl/cassandra/fullscan/consumer.hpp	64
/include/objtools/pubseq_gateway/impl/cassandra/nannot_task/fetch.hpp	136
/include/objtools/pubseq_gateway/impl/ipg/ipg_huge_report_helper.hpp	46 48 49 50 53 55 56 57 58 59 61
/src/algo/align/advanced_cleanup/advanced_cleanup.cpp	436 438 456 467 468 474 505 505 635 647
/src/algo/align/splign/splign_formatter.cpp	368 370 420 426 438
/src/algo/align/util/align_compare.cpp	637 637 638 638 723 776 776 777 777 861 862 863 877 989
/src/algo/align/util/align_filter.cpp	151 155 249 253 256 316 320 323 327 333 339 385 389 392 398
/src/algo/align/util/score_builder.cpp	701 702 704 715 717 719 726 727 729 734 737
/src/algo/align/util/tabular_fmt.cpp	2603 2604 2613 2620 2626 2627 2633 2634 2635 2643 2646
/src/algo/blast/api/bl2seq.cpp	48 53 77 83 90 95 101 106
/src/algo/blast/api/blast_objmgr_tools.cpp	121 125 128 134 135 139 142
/src/algo/blast/api/blast_results.cpp	204 211
/src/algo/blast/api/blast_seqalign.cpp	181 191 195 204 220 467 492 492 496 497 529 536 536 538 538 540 541 590 591 793 795 801 803 1289 1289 1293 1297 1298 1300 1345 1348 1349 1350 1351 1352 1353 1354 1355 1358 1358 1359 1360 1515 1522 1523 1649 1681 1682 1696 1697 1944 1950 1966 1967 2061 2064 2065 2066 2068 2069
/src/algo/blast/api/blast_seqalign.hpp	63
/src/algo/blast/api/cdd_pssm_input.cpp	71 91 100 121
/src/algo/blast/api/dust_filter.cpp	151 153 153 156 157 158 159
/src/algo/blast/api/dust_filter.hpp	60 72 86
/src/algo/blast/api/local_search.cpp	166 167
/src/algo/blast/api/magicblast.cpp	265 265 268 268 275 318
/src/algo/blast/api/msa_pssm_input.cpp	73 80 84 170 174
/src/algo/blast/api/objmgr_query_data.cpp	96 97 101 101 123 124
/src/algo/blast/api/psi_pssm_input.cpp	77 89 99
/src/algo/blast/api/psibl2seq.cpp	65 70
/src/algo/blast/api/psiblast.cpp	102 117 118 126
/src/algo/blast/api/psiblast_aux_priv.cpp	469 470
/src/algo/blast/api/psiblast_impl.cpp	70 73
/src/algo/blast/api/psiblast_impl.hpp	80
/src/algo/blast/api/pssm_engine.cpp	367 368 369 402 403 404 440 441 442 449 452 461 512 518 524
/src/algo/blast/api/repeats_filter_cxx.cpp	78 92 105 107 107 118 123 185 188 190 198 218 224 237 241 243 251 296 297 304 329 339 343 353 355 356 357 360 365 366 371 387 390
/src/algo/blast/api/search_strategy.cpp	310 319 325 333 563 565 571 619
/src/algo/blast/api/setup_factory.cpp	298 360
/src/algo/blast/api/winmask_filter.cpp	216 223 225 231 237 245 248 252 255 259 262 266 269 285 289 311
/src/algo/blast/api/winmask_filter.hpp	59 67 75 84 93 102 111 119
/src/algo/blast/blastinput/blast_input_aux.cpp	343 344 346 379 380 380 382
/src/algo/blast/blastinput/demo/blastinput_demo.cpp	104 105 106
/src/algo/blast/blastinput/unit_test/blastinput_unit_test.cpp	811 813 814 2250 2251 2254 2285 2286
/src/algo/blast/composition_adjustment/redo_alignment.c	1149 1197 1204 1221 1242 1263 1287 1288 1366 1390 1402 1417 1448 1449 1490 1505 1536 1537
/src/algo/blast/composition_adjustment/smith_waterman.c	54 90 148 184 246 285 355 396
/src/algo/blast/core/aa_ungapped.c	51 76 100 125 153 186 201 215 224 239 267 274 288 392 441 576 623 685 714 787 833 841 844 888 901 1022 1035 1066 1071 1075 1091 1102 1133 1142 1147
/src/algo/blast/core/blast_aalookup.c	64 92 415 423 424 429 456 463 473 490 1063 1065 1137 1173 1270 1353
/src/algo/blast/core/blast_engine.c	424 494 523 529 703 835 976 1002 1055 1097 1165 1253 1268 1288 1299 1299 1301 1313 1313 1336 1378 1389 1470 1494 1562 1611 1627 1634 1675 1728 1762 1782
/src/algo/blast/core/blast_gapalign.c	2438 2446 2455 2754 2778 2831 2873 2874 2949 2979 2991 3240 3246 3246 3248 3258 3295 3297 3297 3306 3315 3324 3324 3326 3329 3331 3332 3336 3338 3344 3346 3347 3368 3379 3385 3399 3435 3472 3581 3585 3622 3665 3666 3667 3889 3897 3901 3974 3997 4002 4008 4024 4029 4036 4054 4064 4075 4305 4349 4364 4382 4394
/src/algo/blast/core/blast_hits.c	170 172 174 177 241 241 242 244 276 276 455 456 456 507 528 528 534 548 549 558 577 586 602 682 687 687 692 692 696 700 701 706 712 719 746 753 753 758 761 764 851 863 874 874 877 877 940 951 957 966 978 984 1005 1013 1015 1038 1038 1058 1058 1115 1116 1124 1128 1129 1129 1133 1134 1139 1350 1350 1353 1353 1467 1477 1494 1494 1504 1504 1505 1508 1508 1509 1514 1514 1515 1515 1516 1516 1516 1518 1518 1518 1521 1521 1526 1526 2291 2291 2293 2293 2310 2310 2312 2312 2356 2356 2358 2358 2376 2376 2378 2378 2400 2440 2448 2448 2485 2485 2489 2489 2490 2510 2510 2514 2514 2515 2564 2565 2567 2570 2571 2589 2590 2591 2594 2595 2923 2923 2925 2925 2938 2938 2940 2940 2980
/src/algo/blast/core/blast_hspstream.c	509 510 511 512 553 553 750 755
/src/algo/blast/core/blast_itree.c	262 262 266 266 281 281 282 282 441 443 543 544 548 549 555 555 738 739 741 742 824 824 825 828 828 829 836 837 839 840 938 939 947 947 1023 1023 1024 1024 1083 1084 1086 1087 1125 1126 1129 1130 1133 1133 1202 1203 1210 1210
/src/algo/blast/core/blast_kappa.c	248 248 252 252 252 256 256 256 469 516 519 528 594 612 624 697 713 728 798 798 844 867 1674 1686 1816 1847 1925
/src/algo/blast/core/blast_lookup.c	83 105 242 267
/src/algo/blast/core/blast_nalookup.c	199 240 378 406 410 413 548 575 579 657 685 710 743 817 858 937 967 1012 1215 1233 1259 1310 1318 1323 1396 1431 1433 2210 2256 2285 2295 2303
/src/algo/blast/core/blast_posit.c	101 107 125 125 150 371
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/src/algo/blast/core/jumper.c	287 342 369 391 458 489 734 755 759 868 903 916 938 942 1078 1111 1125 1153 1157 1324 1371 1384 1403 1407 1545 1553 1575 1579 1702 1735 1749 1768 1772 1773 1779 1910 1918 1937 1941 1942 1948 2101 2111 2136 2140 2141 2148 2345 2354 2372 2376 2377 2505 2512 2567 2596 2641 2755 2783 2800 2821 2838 2954 2963 3002 3003 3013 3017 3033 3039 3041 3100 3150 3165 3171 3258 3321 3343 3371 3399 3472 3473 3476 3484 3486 3487 3496 3499 3506 3507 3598 3599 3627 3628 3648 3649 3652 3661 3663 3664 3673 3676 3683 3684 3770 3797 3798 4394 4407 4431 4436 4439 4453 4455
/src/algo/blast/core/jumper.h	104 122 138 224 293
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/src/algo/blast/core/lookup_wrap.c	47 55 61 97 99 105 133 140 145 151 158 189
/src/algo/blast/core/na_ungapped.c	149 164 167 206 218 262 268 317 340 508 631 677 720 743 746 799 844 889 913 916 967 1000 1017 1055 1103 1125 1150 1161 1199 1247 1272 1300 1311 1385 1397 1424 1438 1450 1489 1501 1569 1580 1598 1682 1699 1733 1756 1867 1908 1931 2083 2107 2132 2164 2198 2233
/src/algo/blast/core/pattern.c	554 566 577
/src/algo/blast/core/phi_extend.c	54 72
/src/algo/blast/core/phi_gapalign.c	681 688 699 715 740 763 799 836 861 867 885
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/src/algo/blast/dbindex_search/srsearch/srsearch_app.cpp	82 242 247
/src/algo/blast/format/blastfmtutil.cpp	253 254 255 524 534 539 548 552 566 568
/src/algo/blast/format/data4xml2format.cpp	46 51 62 67 78 83 96 101
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/src/algo/blast/proteinkmer/blastkmer.cpp	62 68
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/src/algo/blast/unit_tests/api/bl2seq_unit_test.cpp	98 116 125 153 166 627 633 666 672 694 699 720 729 755 768 789 793 835 846 860 875 1640 1642 1647 1671 1674 1682 1878 1884 1892 1898 1986 1991 2001 2015 2015 2022 2043 2043 2052 2063 2063 2072 2078 2078 2087 2097 2097 2104 2112 2112 2132 2140 2140 2158 2169 2178 2187 2197 2209 2217 2223 2223 2238 2254 2263 2273 2273 2430 2430 2432 2432 2433 2433 2436 2436 2469 2480 2494 2504 2526 2538 2552 2563 2710 2723 2733 2746 2756 2769 2779 2792 2802 2815 2826 2839 2849 2862 2872 2885 2895 2908 2917 2927 2936 2945 3260 3264 3279 3287 3309 3310 3320 3580 3586 3602 3606
/src/algo/blast/unit_tests/api/blastengine_unit_test.cpp	206 208 208 270 272 272 481 481 489 519 520 525 532 533 538 545 546 551
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/src/algo/blast/unit_tests/api/blastfilter_unit_test.cpp	674 676 678 2055 2057
/src/algo/blast/unit_tests/api/blasthits_unit_test.cpp	100 102 324 327 358 359 387 388 459 460 493 494 592 593 639 640 768 769 821 822 941 946 947 973 996 1012 1013 1028 1074 1075 1209 1213 1350 1351 1351 1393 1394 1502 1503
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/src/algo/blast/unit_tests/api/linkhsp_unit_test.cpp	124 125 131 132 136 331 334 334 364 365 366
/src/algo/blast/unit_tests/api/msa2pssm_unit_test.cpp	94 97 103
/src/algo/blast/unit_tests/api/prelimsearch_unit_test.cpp	68 69 73
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/src/algo/blast/unit_tests/api/psiblast_unit_test.cpp	185 195 1111 1113 1156 1158
/src/algo/blast/unit_tests/api/pssm_test_util.cpp	51 68
/src/algo/blast/unit_tests/api/pssm_test_util.hpp	85 88 105
/src/algo/blast/unit_tests/api/pssmcreate_cdd_unit_test.cpp	216 597 1222 1334
/src/algo/blast/unit_tests/api/pssmcreate_unit_test.cpp	995 1004 1049 1142 1151 1182
/src/algo/blast/unit_tests/api/redoalignment_unit_test.cpp	404 406 420 421 422 423
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/src/algo/blast/unit_tests/api/rmblast_traceback_unit_test.cpp	263 264 270 316 317 323
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/src/algo/blast/unit_tests/api/search_strategy_unit_test.cpp	79 80 81 101 102 103 104 132 133 134 135 163 164 165 166 201 202 203 204 205 246 247 248 249
/src/algo/blast/unit_tests/api/setupfactory_unit_test.cpp	61 62 63
/src/algo/blast/unit_tests/api/split_query_unit_test.cpp	373 375 377 493 494 497 1442 1444 1446 1831 1833 1835
/src/algo/blast/unit_tests/api/traceback_unit_test.cpp	198 199 269 270 276 322 323 329 405 406 412 458 459 465 535 536 540 584 585 589 671 672 677 732 733 738 770 771 781 782 783 824 905 906 910 1010 1011 1017 1074 1075 1081 1125 1126 1132
/src/algo/blast/unit_tests/api/tracebacksearch_unit_test.cpp	132 133 137 202 203 207 268 269 330 331 374 375 387
/src/algo/blast/unit_tests/blast_format/blast_format_unit_test.cpp	100 102 148 150
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/src/algo/cobalt/rps.cpp	136 148 275 302 378 551 552 576 585 616 617 619 624 637 638 639 644
/src/algo/cobalt/unit_test/cobalt_unit_test.cpp	91 103 187 191 1241 1248 1255 1262 1269 1276 1283 1311 1318 1325 1392 1399 1406 1413 1420 1427 1434 1462 1469 1476
/src/algo/gnomon/glb_align.cpp	119 126 129 133 143 151 160 162 166 169 176 185 199 201 205 205 206 214 214 215 223 225 230 232 238 245 247 252 254 261 269 272 277 278 285
/src/algo/ms/omssa/pepxml.cpp	265 273 283
/src/algo/ms/omssa/pepxml.hpp	73
/src/algo/phy_tree/phytree_calc.cpp	647 649 650 650 653
/src/algo/sequence/adapter_search.cpp	732 741 785 786
/src/algo/sequence/demo/adapter_search.cpp	54 153 164
/src/algo/structure/cd_utils/cuBlast2Seq.cpp	219 258 478 484 486 489 497
/src/algo/structure/cd_utils/cuPssmMaker.cpp	384 386 389 390 391 393 394 457 461
/src/algo/structure/cd_utils/cuSimpleB2SWrapper.cpp	271 277
/src/algo/structure/struct_dp/demo/struct_dp_demo.cpp	88 94 104 145 149 166
/src/app/asn_cache/sub_cache_create.cpp	1722 1723
/src/app/blast/blast_formatter.cpp	207 209 217 219
/src/app/blast/deltablast_app.cpp	86 467 488 500 547
/src/app/blast/get_species_taxids.sh	92 111 119 125
/src/app/blast/legacy_blast.pl	356
/src/app/blast/psiblast_app.cpp	95 102 148 156 157 159 184 187 188 194 233 258 268 283 306 328 338 356 372 377 543 544 549
/src/app/blast/tblastn_app.cpp	205 225 232 233 277 278 301 337
/src/app/blast/tblastn_node.cpp	119 137 144 145 189 190 213 250
/src/app/blastdb/makeprofiledb.cpp	881 884 888
/src/app/blastvdb/blast_formatter_vdb.cpp	205 207 215 217
/src/app/blastvdb/tblastn_vdb.cpp	289 296 297 313
/src/app/cn3d/cdd_ibis_annot_dialog.cpp	796 800 800 801 801 803 806 816 816 816 817 835 838 838 838 850 850 850 852 856 856 859 873 888 889 891 893 895 900 901 901 902 905 906 906 906 907 910
/src/app/cn3d/cn3d_ba_interface.cpp	164 169
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/src/dbapi/driver/ftds14/freetds/odbc/unittests/warning.c	31 33
/src/dbapi/driver/ftds14/freetds/tds/Makefile.tds14.lib	4
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/src/dbapi/driver/ftds14/freetds/tds/tds_checks.c	336
/src/dbapi/driver/ftds14/freetds/tds/unittests/common.c	141 146 148 167
/src/dbapi/driver/ftds14/freetds/tds/unittests/common.h	36
/src/dbapi/driver/ftds14/freetds/tds/unittests/dataread.c	43 45
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/src/dbapi/driver/samples/dbapi_sample_base.cpp	425 427
/src/dbapi/driver/samples/dbapi_sample_base.hpp	84
/src/dbapi/driver/samples/dbapi_testspeed/dbapi_testspeed.cpp	452 453 454 530 531 533
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/src/dbapi/driver/util/blobstore.cpp	189 196
/src/dbapi/driver/util/blobwriter.cpp	169 170
/src/dbapi/simple/sdbapi.cpp	2065 2066 2067 2068 2069 2071 3542 3544
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/src/gui/widgets/tax_tree/demo/taxtree_testdlg.cpp	247 248 264 277
/src/misc/eutils_client/test/test_eutils_client.cpp	190 193 197 203 205
/src/misc/hgvs/hgvs_parser2.cpp	168 171 172
/src/misc/hydra_client/hydra_client.cpp	49 94 107 201 207
/src/objects/entrez2/demo/entrez2client.cpp	79 81 83 86 89 91 93 95 97 99 106 172 194 198 202 205 208 211 214 217 220 223 248 250 251 261 264 267 276 279 289 294 369 372 377 395 422
/src/objects/entrez2/entrez2_client.cpp	152 160 361 369
/src/objects/remap/remap_client.cpp	98 99 100 102 104
/src/objtools/align_format/align_format_util.cpp	1395 1398 1402 1405
/src/objtools/align_format/tabular.cpp	1746 1751 1755 1758 1766 1775 1780 1784 1787 1795 1805 1810 1814 1817 1825 1922 1927 1931 1934 1942
/src/objtools/alnmgr/score_builder_base.cpp	539 558 691 697 704 707 714 717 1291 1292
/src/objtools/edit/eutils_updater.cpp	665 670
/src/objtools/edit/remote_updater.cpp	219 223 231 239 299 364 366
/src/objtools/format/flat_seqloc.cpp	756 760
/src/objtools/pubseq_gateway/cassandra/acc_ver_hist/fetch.cpp	120 121 126 130 133 134 142 145 150 151 152 153 154 155 156 164 167 180
/src/objtools/pubseq_gateway/cassandra/bioseq_info.cpp	46 51 52 53 70 78 79 80 83 84 87 90 91 96 99 127 130 131 132 133 134 135 136 137 140 141 142 157 160 175 176 177 179 195 196 198 215 219 223 224 235 237 238 258 259 262 264 284 286 287 288 293 296 298
/src/objtools/pubseq_gateway/cassandra/bioseq_info_task/fetch.cpp	122 123 124 125 126 129 130 131 132 135 136 137 140 141 148 149 154 155 173 174 175 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 224 273 275 283 299 309 324
/src/objtools/pubseq_gateway/cassandra/blob_storage.cpp	72 74 75 77 80 81 82 84 85 86 87 88 125 127 128 130 131 132 133 135 136 159 161 162 164 165 166 167 168
/src/objtools/pubseq_gateway/cassandra/blob_task/fetch_split_history.cpp	105 105 109 110 113 114 115 118 119 125 125 126 127 131 132 133 135 146
/src/objtools/pubseq_gateway/cassandra/blob_task/find_chunk.cpp	127 146 148 149 150 155
/src/objtools/pubseq_gateway/cassandra/blob_task/load_blob.cpp	53 55 59 61 62 63 196 231 232 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 248 420 422 423 432 446 447 467 476 478 511 530 532 533 534 547 562 578 580 581 582 586
/src/objtools/pubseq_gateway/cassandra/cass_blob_op.cpp	76 78 79 81
/src/objtools/pubseq_gateway/cassandra/cass_driver.cpp	210 220 222 223 225 226 235 628 629 630 666 667 668 669 670 671 672 673 674 691 693 694 695 696 699 700 703 704 754 755 756 757 758 759 760 762 764 766 767 786 788 789 791 792 793 794 795 803 805 806 808 810 813 814 817 818 819 828 829 830 831 832 961 962
/src/objtools/pubseq_gateway/cassandra/fullscan/plan.cpp	173 174 175 176 177 178 179 184 185 186 187 188 189 190 193 194 195 196 197 198 199 212 216 217 219 220 221 222 225
/src/objtools/pubseq_gateway/cassandra/fullscan/runner.cpp	139 142 144
/src/objtools/pubseq_gateway/cassandra/fullscan/worker.cpp	123 124 140 147 149 151 154 187 251 264 265 265 266
/src/objtools/pubseq_gateway/cassandra/fullscan/worker.hpp	72 89 90 91 95
/src/objtools/pubseq_gateway/cassandra/nannot_task/fetch.cpp	148 155 162 204 205 206 207 210 213 217 218 224 226 233 234 235 236 237 238 239 240 243 254 257 266
/src/objtools/pubseq_gateway/cassandra/si2csi_task/fetch.cpp	89 90 91 94 95 114 115 122 123 124 133 134 135 136 137 138 141 150
/src/objtools/pubseq_gateway/cassandra/status_history/fetch.cpp	80 80 86 87 90 92 93 94 100 100 102 106 107 108 109 110 111 113 114 122
/src/objtools/pubseq_gateway/cassandra/status_history/get_public_comment.cpp	144 144 148 149 150 151 157 157 159 160 161 162 202
/src/objtools/pubseq_gateway/cassandra/test/unit/cassandra_connection.cpp	158 159 160 161 163 163 171 174 175 175 285 286 287 288 289
/src/objtools/pubseq_gateway/cassandra/test/unit/cassandra_query.cpp	91 92 95 96 99 100 102 106 107 109 110 111 112 117 118 120 121 124 125 126 127 128 129 130 131 134 135 137 138 140 141 143 144 149 151 153 163 164 166 167 169 170 180 183 185 186 188 199 200 202 214 215 217 218 219 221 222 223 224 225 226 227 228 230 231 232 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258
/src/objtools/pubseq_gateway/cassandra/test/unit/fullscan_plan.cpp	129 133 138 139 144 149 154 155 161 162
/src/objtools/pubseq_gateway/cassandra/test/unit/fullscan_runner.cpp	146 151 152 200 201 202 203 205 236 239 282 283 287 310 311 324 352 353 359 380 381 385 405 406 410 431 432 438 460 462 466
/src/objtools/pubseq_gateway/ipg/fetch_ipg_report.cpp	90 92 94 95 96 98 101 102 103 104 105 107 109 112 113 114 115 116 122 123 128 129 134 136 140 142 145 147 151 153 157 221 222 223 224 227 228 239 240 241 255 283 285 287 289 292 293 317 319 320 322 324 327 328 337 340 368
/src/objtools/validator/validator.cpp	87 89 90
/src/sample/app/blast/blast_sample.cpp	139 144
/src/sample/app/sdbapi/sdbapi_advanced_features.cpp	82 92 93 94 95 103 104 105 106 113 114 115 116 121 122 123 126 148 149 163 164 165 166 173 174 175 176 203 204 205 206 240 241 242 243 250 251 252 253 254 256 273 275 277 285 295 296 297 298 303 304 305 306 326 328 329 331 336 341 342 343 344 345 350 351 352 353
/src/sample/app/sdbapi/sdbapi_simple.cpp	236 237 238 239 243 251 257 260 282 283 291 294 325 326 327 328 332 333 341 348 394 395 396 404 411
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/src/sra/readers/bam/test/bamread_unit_test.cpp	58 66 69 72 75 75 75 78 78 78 99 106 110 111 112 113 114 122 126 130 134

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